2012 m. liepos mėn. Vilniaus miesto savivaldybės administracija baigė įgyvendinti Europos Sąjungos bei Vilniaus miesto savivaldybės lėšomis finansuojamojas projektas Nr. VP3-1.4-AM-06-R-01-005 ,,Mindaugo vidurinės mokyklos užterštos teritorijos sutvarkymas“.

2007 m. pradėjus mokyklų stadionų ir jų aplinkos ekogeocheminius tyrimus, vienas grunto mėginys paimtas Vilniaus Karaliaus Mindaugo vidurinės mokyklos teritorijoje. Jį ištyrus nustatyta, kad mokyklos teritorijoje padidėjusi cheminių medžiagų koncentracija. 2009 m. atlikus detalius ekogeologinius tyrimus nustatyta, kad šioje teritorijoje kai kurių sunkiųjų metalų ir naftos produktų koncentracija viršija ar yra artima leistinoms normoms. Užteršto grunto kilmė nežinoma, spėjama, kad jis buvo atvežtas į mokyklos teritoriją prieš ją statant arba statybos metu 1968 m.

Kadangi mokyklos teritorija priskiriama jautrioms taršai teritorijoms ir ją buvo būtina tvarkyti, kreiptasi dėl Europos Sąjungos finansavimo projektui skyrimo. Projektui skirta 1887578,85 Lt Europos regioninės plėtros fondo lėšų ir projekto finansavimo ir administravimo sutartis buvo pasirašyta 2011 m. sausio mėn., tačiau dėl darbų sezoniškumo darbai užtruko iki 2012 m. liepos mėn. Viešojo pirkimo laimėtojas UAB ,,Hidrostatyba“ pagal konsorciumo (jungtinės veiklos) sutartį su VšĮ ,,Grunto valymo technologijos“ iškasė užterštą gruntą ir utilizavo jį atliekų saugojimo įmonėje, laikantis galiojančių teisės aktų, o į jo vietą buvo atvežtas švarus, neužterštas gruntas, atstatyta suardyta danga, žalios vejos ir želdiniai.

Projekto metu sutvarkyta 0,2120 ha mokyklos teritorijos. Dar beveik 0,3 ha bus išvalyta II mokyklos teritorijos sutvarkymo etapo metu. Pirmojo etapo metu išvalyta teritorija, kuri nėra uždengta dangomis ir yra didesnė kontakto su mokiniais ir aplinkiniais gyventojais tikimybė. Antrojo etapo metu bus valoma teritorija, kurios didžioji dalis yra padengta asfalto ir betono plytelių danga.