Biologinė įvairovė yra svarbus aplinkos komponentas. Ji skatina gamtinių sistemų produktyvumą, gamtinės aplinkos funkcinę įvairovę bei sugebėjimą atsistatyti. Bioįvairovės apsaugą reglamentuoja nemažai LR ir ES teisės aktų, reglamentų.

Lietuvoje yra inventorizuota 1796 sporinių induočių ir aukštesniųjų augalų, virš 6000 grybų, 99 žuvų ir apskritažiomenių, 13 varliagyvių, 7 roplių, 321 paukščių ir apie 500 stuburinių gyvūnų rūšių, iš kurių 70 žinduolių rūšys. Taip pat krašte gyvena 6 pinčių, 300 verpečių, 170 moliuskų, 200 voragyvių ir apie 15 tūkst. vabzdžių rūšys.

Pastaraisiais metais Vilniaus miesto savivaldybė skyrė didelį dėmesį gyvūnų ir augalų inventorizacijai, jų gyvenimo sąlygų nustatymui bei biologinės įvairovės ir miesto plėtros tarpusavio įtakos tyrimams. Įvertinant biologinės įvairovės būklę, buvo atlikta Vilniaus miesto ir apylinkių augalų bei gyvūnų inventorizacija, apžvelgta biologinės įvairovės kaita, tendencijų prognozės. Šį darbą Savivaldybės užsakymu vykdė Vilniaus Universiteto Ekologijos instituto mokslininkai. Jie įvertino urbanistinio kraštovaizdžio specifiką ir miesto plėtros poveikį atskiroms augalų ir gyvūnų rūšims, ištyrė gyvūnų migracijos ir žiemojimo sąlygas. Įvertinta miesto plėtros įtaka atskiroms gyvūnų rūšims bei jų įvairovės kaitai.

Vilnius yra įsikūręs Neries ir Vilnios santakoje, raižytoje ir kalvotoje teritorijoje. Iš visų pusių ją supa miško masyvai ir miško parkai. Žalieji plotai užima puse miesto teritorijos. Miesto biologinė įvairovė nėra skurdesnė nei kitur, nors dar trūksta detalesnių tyrimų.