Svarbiausias savivaldybės požeminio vandens monitoringo tikslas – išsaugoti miesto geriamojo vandens šaltinius ir užtikrinti miesto gyventojų aprūpinimą geros kokybės geriamuoju vandeniu.

Vilniaus geriamo ir jį papildančio bei galinčio paveikti požeminio vandens kokybė yra stebima vandenvietėse, specializuotam požeminio ir gruntinio vandens tinklui priklausančiam šaltinių, šulinių ir gręžinių vandenyje bei uždarytų Fabijoniškių, Lentvario, Mickūnų ir Polocko sąvartynų apylinkėse.